CUTE-I コマンド＆データハンドリングサブシステム （以下C&DH系）は，大きく分類して2つの機能を持っている．一つは，地上局からのコマンドを受信し実行する機能であり，もう一つは，housekeeping data（HK data）やMission dataの収集・成形機能である．これらの機能を実現するために，C&DH系には，MPU(Micro Processing Unit)やSRAMが搭載されている．

  以下の図にC&DH系のシステムブロック図を示す．C&DH系はMPU，Memory，リセット回路およびADC回路から構成される．MPUには32kbyte:ROM 1kbyte:RAMの8bitMPUを使用している． また，MemoryとしてSRAM(4Mbit)とEEPROM(256kbit)の2種類を搭載している．SRAMは高速アクセスが可能である反面，揮発性メモリであるため電源がOFFになるとデータが全て消えてしまう．このため，C&DH系では独自にSRAMデータバックアップ用の小型バッテリーを搭載している．このSRAMは各種センサデータの保存に使用する．EEPROMは不揮発性メモリであるので，電源がOFFになってもデータが消去されない．このため，EEPROMにはCUTE-Iが起動した際の初期化に必要なデータなどが保存されている．リセット回路は，MPUを外部からハード的に強制リセットするための回路である．通常，地上局からのコマンドはデジタルデータに変更されMPUのDigital Input Portに入力され，その後実行される．C&DH系はこのコマンド系統とは別に，リセットコマンドのみでコードできる回路を搭載しており，これによりハード的強制リセットが可能となっている．ADC回路はADS系などからのアナログ入力をデジタルデータに変換する回路である．ADCはMPUにも内蔵されているが，CUTE-Iは，アナログ出力デバイスを多数搭載しているため，外部にADC回路を追加した．これによりC&DH系は合計24チャンネルのADCを有することになる．

  ADS系からは，姿勢センサ，温度センサ，電圧センサ，電流センサなどの各種センサデータがC&DH系に入力される．これらのデータはADS系内のマルチプレクサによって出力のスイッチングを行っているため，マルチプレクサを操作する信号をC&DH系が出力している．また，ADS系内の太陽センサをコントロールするためのコマンドを出力する．太陽センサの実質的な制御は，太陽センサ内のMPUによって実行されるが，C&DH系からは，太陽センサのON/OFF信号や画像処理演算に必要な輝度のしきい値などを出力する．