構造は，衛星の骨格を成す部分であり，ロケット打ち上げ時の激しい振動環境や宇宙空間での苛酷な温度変化，放射線の照射などから，衛星の内部機器を守る役割を担っています．
Cute-1.7 + APD IIでは，打ち上げ契約により，衛星本体と分離機構を含めて5kg以内に収めなくてはならない質量の制約があります．このため，構造系では，内部機器を守る役割を果たしつつ，軽量化に努めました．
Cute-1.7 + APD IIは，十分な発生電力を確保するために，太陽電池セルの面積を大きくできるよう，1号機に比べて高さ方向に約50%大きくなっています．寸法は，220 [mm] ×180 [mm] ×115 [mm] です．
内部の各基板は，マザーボードをベースに基板間コネクタを用いて取り付けています．この方法により，配線の数を減らし，構造の簡素化・組上げ易さの向上を図りました．
部材はほとんどアルミ製で，部分的にステンレスも用いています．また，分離機構との取り付け部には，表面処理を施し，滑らかな仕上げになっています（写真の黒い部分）．
衛星のほぼ中心にバッテリーを配置しています．アンテナは鋼鉄リボン線でできており，軌道上で展開します．カメラと磁気トルカは，1号機と同様の位置に配置しています．その他の内部機器の配置は図の通りです．
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